Könkköjoki on yksi Konneveden kalatutkimus ry:n, Jyväskylän yliopiston ja Luonnonvarakeskuksen taimentutkimuskohteista. Joella tehdään vuosittain kutupesä- ja poikasinventointeja sekä kalamerkintää vaellustutkimukseen.

Taimenen kutupesät

Pesät ovat keskisuomalaisissa taimenjoissa useimmiten 0,8 – 1,5 m pitkiä, samoin Könkköjoella. Tämän kokoisia pesiä tekevät todennäköisesti 25–40 cm:n pituiset naaraat. Mahdollisten Karikkoselältä palaavien vaeltavien naaraiden pesät lienevät pääosin  2,5–3,5 m pitkiä, joskin 50–60 cm:n pituiset paikalliset naaraat kaivavat myös tämän kokoisia pesiä.

Pesien lukumäärä oli Könkökoskessa ja Myllykoskessa yhteensä 23–32 kappaletta vuosina 2011–2015, mutta 51 kappaletta syksyllä 2016. Könkköjoella kutupesiä esiintyy runsaasti Mylly-Sahakoskessa kosken puolivälin paikkeilla. Taimenet kaivelevat pesiään kuitenkin pitkin jokea, ja tämän takia kahlaus on kielletty koskissa talvi- ja kevätaikaan. Taimen kutee Könkköjoella syyskuun loppupuoliskolla.

Taimenen poikastiheys

Könkköjoen kaikki taimenen poikaset ovat villistä kutukannasta  luonnossa syntyneitä. Poikastiheys pysyi uomakunnostuksen jälkeen vuoteen 2006 asti suunnilleen samalla tasolla, noin 10 yksilöä / 100 m2, kuin ennen kunnostusta. Villin taimenen rauhoitus jokikalastuksessa alkoi vuonna 2006, ja tämän jälkeen poikastiheys nousi muutaman vuoden ajaksi tasolle 20 yksilöä / 100 m2. Poikastiheys on kuitenkin ollut taas matalampi 2010-luvulla, mutta vuosien välinen vaihtelu on suurta.

Könkköjoella erityisen hyvää poikastuotantoaluetta on Myllykoski. Poikastiheys on yleensä korkein koealalla, joka sijaitsee 70 m tulipaikasta alavirtaan kohdassa, jossa joki kulkee kahdessa uomassa. Poikasia löytyy kuitenkin useimpina vuosina jokaiselta viideltä sähkökalastuskoealalta.

Taimenen 0-vuotiaiden poikasten tiheys Könkköjoella sekä Joutsan Rutajoella ja Muuramen Muuramenjoella määritettynä sähkökalastusmenetelmällä ja pyydystettävyydellä. Ylöspäin osoittava nuoli kuvaa uomakunnostuksen ajankohtaa (Könkköjoen kohdalla ’Kun’) ja alaspäin osoittava nuoli villien taimenten rauhoituksen alkamisajankohtaa (’P&P’, pyydä ja päästä). Könkönkoskella on kaksi vakiokoealaa ja Mylly-Sahakoskella kolme. Könkköjoen yleistiheys on laskettu näiden kahden kosken aritmeettisena keskiarvona.